在水溶肥產業加速發展的現階段，行業發展還存在四大突出問題：
一是生產技術落后。與國際水溶肥企業相比，目前國內部分水溶肥企業在資金、研發、技術上都投入不足，生產設備相對簡陋，不少企業僅僅是將原料簡單混配。部分水溶肥廠家原料不能自產，需靠對外采購，產品質量很難保證。
二是水肥一體化配套不同步。只有灌溉施肥技術普及，才可能有水溶肥的施展空間。水肥一體化的實現，意味著整個耕作體系的深刻變化。由于技術服務力量比較弱，從業人員對灌溉技術設備不了解，不少水溶肥企業只是單純地生產銷售產品，相應的灌溉技術設備和服務跟不上，水肥一體化優勢未能完全體現。
三是產品質量參差不齊。目前水溶肥市場比較混亂，假冒偽劣產品較多，影響優質產品的推廣。并且國家標準沒有完全統一，不利于行業的良性競爭和發展。產品配方沒有根據作物的需求來配置，而是盲目追求高養分含量，從而達不到預期的效果。
四是市場無序競爭。與普通復合肥相比，水溶肥利潤空間較大，市場管理還不完善，吸引了部分不良廠家以次充好，炒概念牟取暴利。產品的高售價和農戶的收益不成正比，最終將影響農戶購買使用水溶肥的意愿，不利于行業的健康持續發展。
